行政补偿是指国家对行政机关及其员工在行使职权过程中因合法行为损害公民、法人或者其他组织合法权益而采取的补偿手段。
行政赔偿是指国家对行政机关及其员工在行使职权过程中因违法行为损害公民、法人或者其他组织合法权益而采取的弥补手段。
从起因上来看：行政补偿起因于合法行为，行政赔偿起因于违法行为；
从性质上看：行政赔偿性质上是行政法律责任，而行政补偿性质上是具体行政行为。行政赔偿是国家对行政机关及其员工违法行使职权的行为而承担的一种法律责任，具备否定和谴责的意思；而行政补偿是国家对行政机关及其员工合法行为所导致的损害而采取的弥补手段，行政机关达成作出的决定是具体行政行为；
从范围上看：行政赔偿的范围小于行政补偿的范围。行政赔偿受国家赔偿法的限制，国家并不是对所有些行政侵权行为都承担赔偿责任，比如对国防外交等国家行为，一般觉得实行国家豁免，国家对给公民、法人或者其他组织其导致的损害不承担赔偿责任。行政补偿是什么原因行为除去合法性这一限制以外，没其他的限制；
从弥补程度上看：行政赔偿对公民、法人或者其他组织合法权益的弥补程度不如行政补偿充分。国家赔偿法针对的损害限于人身权和财产权的损害，而行政补偿没这种限制。而且，对国家赔偿法规定范围之内的行政侵权行为所导致的损害，国家也并不是全部赔偿，而是限于最低限度的直接损失。国家赔偿法规定“计算标准”有哪些用途之一为了限制赔偿的数额。行政补偿采取损失填补原则，行政机关及其员工的合法行为给公民、法人或者其他组织的合法权益导致了多大的损害，国家就补偿多少。当然，行政补偿所针对的损害需要是特定的公民、法人或者其他组织所遭受特别的损害，而不是常见的损害。从损害这一点来看，行政赔偿着眼于赔偿的最高数额，而行政补偿着眼于损害的特定性，没数额的限制；
行政补偿可能是在损害发生之前由行政机关与公民协商解决，也会是在损害发生之后由行政机关与协商解决。行政赔偿只能发生在侵权行为发生之后，由行政机关与公民协商解决。行政补偿和行政赔偿都可以适用调解，但，公民因与行政机关对行政补偿不可以达成共识而起诉的，适用普通的行政诉讼程序；与行政赔偿义务机关对行政赔偿不可以达成共识而起诉的，适用行政侵权赔偿诉讼程序；
从法律依据上看：行政补偿的法律依据是有关的单行的部门法律法规，而行政赔偿的法律依据是行政诉讼法和国家赔偿法。
两者都是国家对行政机关及其员工行使职权过程中给公民、法人或者其他组织合法权益导致的损害采取弥补手段，但在危险责任范围，行政补偿与行政赔偿之间没明确的界限。